Освоение ачинских земель началось в 1641 году, когда после битв с кыргызами уцелевшие русские ратники построили первое укрепление — Ачинский острог. Ачинским он стал называться по кыргызскому роду Ач, который кочевал по южной и западной части края.

Деревня Зерцалы была образована казаками в 1676 году, на тринадцать лет раньше Ачинского острога.

В 1681 году Ачинский острог был сожжен кыргызами.

В 1683 году из Москвы в Сибирский приказ томскому воеводе Кольцову-Масальскому последовала грамота о необходимости восстановления острога. Выполняя распоряжение из столицы, сибирское воеводство решило поставить его на берегу реки Чулым, поближе к другим укрепленным пунктам. В 1683 году острог был восстановлен и получил статус военного поселения.

С 1708 года Ачинский острог потерял свое значение как укрепленный военный пункт и стал развиваться как купеческий и торговый центр, через который проходили торговые пути с юга и севера и дорога, ведущая в Китай.

В 1720 году задымили трубами первые рубленые избы деревни Курбатово, в 1727 году - села Белый Яр.

Через Ачинск с 1726 по 1735 год был проложен Сибирский тракт в московском направлении.

В 1782 году в ходе губернской реформы был образован Ачинский уезд из шести волостей Красноярского уезда (Устюжской, Атамановской, Сухобузимской, Нахвальской, Подъемной и Большекемчугской), из Новоселовской волости Енисейского уезда и четырех волостей Томского уезда (Подгородной или Ачинской, Кийской, Боготольской и Краснореченской). Новый Ачинский уезд вошел в Тобольскую губернию Тобольского наместничества.

7 ноября 1782 года городу Ачинску был присвоен статус уездного города в составе Томской губернии.

В 1784 году в Полтавской губернии, в семье казаков родился святой Даниил Ачинский (Данила Корнилович Делие). Делие участвовал в Отечественной войне 1812 года, в том числе в битве при Бородино. За отказ от воинской службы был осужден и сослан на каторгу в Сибирь, работал на Боготольском винокуренном заводе. После выхода с каторги поселился в Ачинске. Вскоре он переехал в деревню Зерцалы. Целыми днями Даниил молился, неделям не покидая свою келью. По ночам он выходил, чтобы поработать у бедняков, возделывал им землю, жал, косил, работал на огородах. К отшельнику стали приходить местные жители, желавшие получить благословение или совет. В январе 1843 года Даниил уехал из Зерцал в Енисейск, где скончался. Прославлен как местночтимый святой в 1999 году.

В 1802 году на территории Ачинского уезда была основана одна из первых пасек в Восточной Сибири. Цены на мед доходили до 15 рублей за пуд. Только в 1833 году появляется пасека в Минусинском уезде. В Красноярском крае пчеловодство возникло в 40-х годах, а в Канском и Енисейском – в 60-хх. К 1858 году в губернии с 9713 ульев собрали 2384 пуда меда и 248 пудов воска.

1816 год - образована деревня Преображенка.

В 1821 году в сибирскую ссылку прибыли солдаты мятежного гвардейского Семёновского полка, участвовавшего в Отечественной войне 1812 года. Около Ачинска они переправились через Чулым и обосновавшись в удобном месте, основали поселение, назвав его Тарутиным (эта легенда не нашла достоверного подтверждения в документальных источниках), но дает представление об истории возникновения данного поселения.

В 1823 году в Ачинском уезде насчитывалось 226 селений с общим числом жителей в 24,5 тысячи человек.

В 1832 году в Ачинском округе были открыты первые россыпи золота в Енисейской губернии, на притоках Черного Июса, причем с бедным содержанием золота в песке. В географических границах нынешнего Ачинского района золотодобыча велась на речке Салырке вплоть до 1943 года.

26 марта 1837 года в деревню Зерцалы Боготольской волости Ачинского уезда прибыл ссыльный старец, который назвался Фёдором Кузьмичом Кузьминым. В Зерцалах Фёдор Кузьмич прожил около пяти лет, позже переехал в Белоярскую станицу и поселился здесь в избушке – келье. Старец стал широко известен в народе своей святостью и праведными делами. Позже он перебрался в город Томск, где скончался. Молва отождествляла старца Федора Кузьмича с императором Александром I. В 1984 году, по благословению Святейшего Патриарха Пимена, имя праведного Феодора Томского было внесено в состав Собора Сибирских святых.

В 1859 году – образовано село Ястребово.

В 1886 году в деревне Зерцалы, над кельей, где жил Даниил Ачинский, была построена каменная церковь во имя святого Даниила Столпника, разрушенная в 80-е годы 20 века.

По данным 1892 года от Ачинска до Минусинска обитали 102 малых народности: басагары, кызыльцы, арины, езерцы, арагоны, яринцы, алтысары, бельтепы, ачинцы и многие другие. Вокруг самого Ачинска, кроме ачинцев, жили народности: камларсы, альтысары, басагары и киргизы. Они вели полукочевой образ жизни, имели постоянные зимние становища.

В 1896 году по территории Ачинского уезда пролегла Транссибирская магистраль, а с 1910 года началось строительство Ачинско - Минусинской ветки. Строительство железной дороги способствовало быстрому развитию ачинских деревень.

В 1897 году наставник Красноярской учительской семинарии П.С. Проскуряков организовал первую археологическую экспедицию в Айдашинскую пещеру и описал находки, известные под названием «Проскуряковой коллекции». Первые факты спуска в пещеру относятся к 1850 году, когда по окрестностям стали ходить слухи о несметных богатствах, спрятанных в пещере. П.С. Проскуряковым было найдено около 100 предметов. После его раскопок вход в пещеру был закрыт и засыпан.

В 1880-е годы в Ачинском округе числилось 6 ярмарок из 13, причем, две из этих шести – Никольская в Балахте и Петропавловская в Ужуре были самыми крупными в Енисейской губернии, давая 60% торгового оборота. В начале 1880-х годов оборот каждой из них превышал 300 тысяч рублей, но к концу десятилетия упал до 50 тысяч.

1889 год – образована деревня Большая Cалырь.

1894 год – основана станция Тарутино.

1896 год – образовано село Тимонино.

1896 год – образована деревня Лапшиха.

С 1907 по 1917 год (с 15 ноября по 15 декабря) в Ачинске проходила Филипповская ярмарка. Ярмарка считалась большим народным праздником. За несколько дней до её открытия сооружались на Сенной площади (в наши дни на этом месте проходит трамвайное кольцо) временные прилавки, ставились палатки, балаганы. К этому месту со всех волостей уезда съезжались многочисленные подводы, гружённые снедью, товарами, живностью. Здесь заключали большие сделки купцы, присматривали невест и женихов. Большим спросом пользовался табак, который выращивали пять сёл Ачинского уезда.

28 октября 1917 года – в Ачинске была провозглашена советская власть.

В 1918 году в Ачинском уезде в результате белогвардейского мятежа была свергнута власть большевиков.

В декабре 1918 года был образован партизанский отряд из 90 повстанцев под командованием П. E. Щетинкина. Сначала партизанское движение охватило три, затем восемь волостей. Партизаны одержали победу над белыми в районе сел Ингут, Ольховка. В феврале 1919 года у Щетинкина насчитывалось уже около одной тысячи вооруженных партизан, в целом, в Ачинском уезде партизанили до 3 тыс. крестьян. Весной 1919 года партизаны прорвались из окружения и ушли в Заманье, где образовали Северо-Ачинский полк.

С января 1920 года советская власть прочно установилась на территории Ачинского уезда.